Ο Χαρδαλιάς κατηγορήθηκε το 2013 ότι διοχέτευσε κονδύλια του Δήμου Βύρωνα στην ομάδα μπάσκετ γυναικών του Αθηναϊκού, από τα έσοδα του καλοκαιρινού φεστιβάλ στο Θέατρο «Μελίνα Μερκούρη».
Ο δήμαρχος υπήρξε θέσει πρόεδρος του Αθηναϊκού από το 2005 ως το 2015 και μάλιστα πανηγύρισε την κατάκτηση του Εurocup το 2010, όταν η δημοφιλία του εκτοξεύτηκε.
Ο Χαρδαλιάς διέψευσε μετά βδελυγμίας τα δημοσιεύματα περί ατασθαλιών, τα οποία ωστόσο επικαλούνταν ενδελεχή έρευνα του ΣΔΟΕ, καθώς και δηλώσεις του πρώην προπονητή μπάσκετ του συλλόγου, Γιάννη Κτιστάκη.
«Εμετικές συκοφαντίες», χαρακτήρισε ο Χαρδαλιάς τις καταγγελίες, σχετικά με τα χαμένα έσοδα από τις εισπράξεις του Θεάτρου Βράχων και για τα χρέη 500.000 ευρώ που συσσωρεύονταν στον σύλλογο.
Τον Δεκέμβριο του 2015, μετά από αναβολές που κράτησαν μία πενταετία, το 10ο Τριμελές Πλημμελειοδικείο Αθήνας επέβαλε πρωτόδικη ποινή 1 έτους με αναστολή, καθώς και πρόστιμο 3.000 ευρώ, στον Νίκο Χαρδαλιά και την εταιρία Α.Ε. Γήγερτον για ρύπανση δασικής έκτασης στον Υμηττό, μετά από καταγγελίες πολιτών στο Δασαρχείο Πεντέλης.
Τον Ιανουάριο του 2017, το Εφετείο Πλημμελημάτων μείωσε την ποινή του Χαρδαλιά σε 6μηνη φυλάκιση με αναστολή για την ίδια υπόθεση του 2010, απαλείφοντας το πρόστιμο.
Στην εκδίκαση παρεμφερούς μήνυσης, για έργα οδοποιίας αξίας 3 εκ. ευρώ σε αναδασωτέα περιοχή, το 9ο Τριμελές Πλημμελειοδικείο Αθήνας επέβαλε πρωτοδίκως τον Δεκέμβριο του 2016 ποινή φυλάκισης 1 έτους με αναστολή και πρόστιμο 1.500 ευρώ τόσο στον Χαρδαλιά όσο και στην εργολήπτρια εταιρεία.
Νωρίτερα, το 2013, η Επιτροπή Ελέγχου Δαπανών και Εκλογικών Παραβάσεων επέβαλε στον Χαρδαλιά πρόστιμο 63.423 ευρώ για παρατυπίες στα οικονομικά των δημοτικών εκλογών του 2010. Το συγκεκριμένο ποσό, από τα έσοδα του συνδυασμού του, δεν αναρτήθηκε στην κεντρική βάση δεδομένων.
Τελικά, ούτε γάτα ούτε ζημιά. Το συγχωροχάρτι που δόθηκε τον Μάρτιο του 2020 για διαγραφή προστίμων συνολικού ύψους 800.000 ευρώ βρήκε χώρο και για τον Νίκο Χαρδαλιά, του οποίο η «καμπάνα» γράφτηκε στο χιόνι.